La prima operazione da compiere per disinstallare definitivamente Cydia, è quella di rimuovere proprio le applicazioni installate da Cydia, in modo tale che non resterà alcuna traccia di essa. Successivamente, effettuate un backup completo del vostro dispositivo, cosicché non rischierete di perdere i vostri dati. Successivamente, dovrete collegare il dispositivo al vostro computer e aprire l'applicazione iTunes. Avviate il device nella modalità DFU, ovvero "Device Firmware Update", che consente di procedere ad un aggiornamento del device aggiornando eventuali errori presenti nel firmware in uso. Per ottenere questo esito, premete per 10 secondi i pulsanti ?Home? e ?Power?: dopo questo lasso di tempo, lasciate il tasto ?Power? e tenete premuto, ancora per 10 secondi, il tasto ?Home?. In questo modo, il device dovrebbe riavviarsi in modalità ?Recovery?.