Per garantire la massima sicurezza possibile ai propri utenti, Samsung utilizza tre diversi livelli di sicurezza per Samsung Pay. Prima di effettuare un pagamento, viene richiesto l?inserimento di un PIN, dell' impronta digitale o la scansione dell?iride. I dati, invece, vengono salvati all?interno di un token cosicché che non siano presenti nella memoria dello smartphone o smartwatch. I dati verranno protetti anche dal serivizio dedicato alla sicurezza chiamato Samsung Knox.