Una volta effettuato il collegamento, una icona dell'iPod appare automaticamente in alto a sinistra su iTunes. Si preme su tale icona, e si clicca sul tipo di contenuto che si desidera sincronizzare: negli iPod classici è possibile trasferire la musica, in quelli di ultima generazione si possono sincronizzare anche film, programmi TV e foto. È sufficiente spuntare la casella accanto all'opzione "Sincronizza", selezionare il materiale da trasferire dalla libreria di iTunes all'iPod, e poi su premere "Applica" in basso a destra. È opportuno specificare che l'iPod può essere sincronizzato solo con una libreria alla volta: nel caso in cui il dispositivo sia stato sincronizzato precedentemente con la libreria di un altro computer, è necessario inizializzarlo, e cancellare i contenuti presenti al suo interno, prima di poter trasferire i file provenienti dalla nuova libreria di iTunes. Si consiglia, dunque, di sincronizzare l'iPod sempre con lo stesso computer e con la stessa libreria. Potrebbe esser necessario dover autorizzare il proprio computer ad accedere ai contenuti del dispositivo, e a poterli trasferire: Apple, infatti, prevede un massimo di 5 computer diversi. È sufficiente recarsi nella sezione "Account", accessibile dalla barra di menù, scegliere "Autorizzazioni" e "Autorizza questo computer", inserendo il proprio ID Apple e la propria password.